Тоже шприц использую, только его в верхнюю банку ложу и ватка сама к донышку притягивается
Если ватка сама заталкивается в шприц, она прижимается к выходному отверстию, а это несколько замедляет фильтрацию. Если до ватки сунуть в шприц кусочек путанки или сделать ограничитель из сантиметрового отрезка крестообразного штока поршня , ватка не будет упираться в дно и фильтрация пойдет веселей.
после смены ватки надо снова снизу подсосать поток.
В принципе, ничего не мешает поднять выпускной край трубки на уровень верхней банки, а после смены ватки вернуть его на место.
Но у нижнего расположения, на мой взгляд, все-же есть преимущество. Когда фильтр внизу, перед глазами, легче пронаблюдать за степенью засорения фильтра и вовремя его сменить.