Я выкладывал фото разных уплотнений. Черные - одни из лучших. Кроме того, посмотрите на кламп. Да там контакта между паром и уплотнением - мизер, кольцо высотой меньше миллиметра. Такое уплотнение не может быть причиной запаха.
Если колонна проходила пробный запуск на самогоне, причиной неприятного запаха при пропаривании могут быть остатки сивушных примесей, застрявшие в насадке. Если пробного запуска не было, запах либо от воды, либо от какой-то грязи внутри трубы.
Пробный пуск ректификационной колонны на воде можно провести только если есть сомнения в герметичности. Во всех остальных случаях это пустая затея.